新冠肺炎

我们应该害怕SARS-COV-2的突变?

新冠状病毒基因组可能突变的清单显示,最多影响旧患者和疫苗接种人群的抗体的有效性。

Loïc诺普尔
SAR-COV-2蛋白质S.

南部非洲,英国人,巴西变体......世界一直在持有几周,担心这些未发表的冠状虫病毒的出现,这些冠心神所欲词与以前的一个或多个突变的突出有区别,这是一个或多个突变。因此,“英国”变体,因为在英格兰南部首次代表,被认为是更具传染性的,并且将被要求成为主要的。事实上,根据卫生部进行的调查的初步结果,尽管遭到了近期边界,但它已经代表了法国CVIV-19正面测试的1%。关注是免疫学。这些突变在许多国家的分布过程中损害了疫苗的有效性吗?他们是否防止抗体来自先前感染以中和新人?换句话说,SARS-COV-2通过自然选择来逃离对他的抗体的中和力量, 正如我们对其他冠状病毒所看到的那样 ?

要了解,西雅图,美国和同事的Fred-Hutchinson癌症研究中心Jesse Bloom 测试了许多突变对抗体的影响 含有旧感染患者的血清。让我们在一开始就指定它仍然只有预先预制,尚未由同行验证,但它对科学界引起了很多兴趣。所选方法的优点是测试一组抗体(一种谈论多克隆抗体)而不是一种类型(单克隆抗体):因此条件更接近生理现实。生物学家对蛋白质S的RBD地区特别感兴趣(对于 长钉或SARS-COV-2的“拼写”)。需要一些先决条件来理解。 S蛋白质,它带来病毒并使其其外观冠状(因此它的名称“冠状病毒”),包括三个相同蛋白质亚基的组装。

SARS-COV-2蛋白的解剖学。

SAR-COV-2蛋白由三个相同亚基(或单体)的组装组成。一个人在这里详述,另外两个出现在灰色。我们区分基本区域,如n终端域 (深蓝) 和rbd域 (粉红色).

©5-HT2AR

每个都包含1,273个氨基酸。其中包括14岁之间e 和 le 305e 构成“n终端”和319之间的人e 和 le 541e,接收器绑定域(RBD for 受体结合结构域),即冠状病毒与接收器(血管紧张素2转化酶,注意到的细胞的区域)通过其感染的区域。这两个区域是抗体中血清中抗体的主要目标。

二十种不同的氨基酸组成任何蛋白质。它们由根据国际代码的一封信指定。

国际氨基酸代码。

国际氨基酸代码。

©ex lyon.

因此,蛋白质中的突变注意到如下:改性氨基酸的字母,其次是其位置的数量,有时氨基酸占据其位置。例如,E484K突变意味着谷氨酸(E)位于484中e 位置(因此,在RBD中)取代赖氨酸(K);突变表示E484只能指出相同的谷氨酸已经被替换而无需进一步准确。这些独特或多种变化,大多数往往没有任何后果,但有时它们对蛋白质的功能具有激烈影响,其三维配置和通过预先存在的抗体识别。然而,请记住,与其他病毒(例如流感)相比,SARS-COV-2的基因组很少。

第一个结果:强烈降低抗体的有效性的突变位于RBD的三个特定区域,名为“表位”:“脊”,与ACE2直接连接的区域;脊附近的环,其邻域由氨基酸443至450和494至501组成;最后,一个区域(所以 英文)在rBD的基础上。

蛋白质的区域是突变的关注。

蛋白质的RBD结构域的区域在突变强烈降低校准者血清抗体的亲和力:峰值 (向上),一个河流附近的循环及其邻居 (在中心) 和核心,或“核心” (以下).

©A.Greaney等人。

该研究还表明,在突变F456和大多数通过E484突变中,测试的所有血清的有效性都与突变和大部分进行了降低。这两个修改涉及RBD的脊。此外,在巴西南非出现的两个变体中发现的E484突变(今天在日本发现)是最重要的,即减少抗体的中和功率:这种降低与E484K的因子35-60变化,E484Q和E484P突变。令人惊讶的是,两种血清没有看到E484突变减少的活性,这表明感染者的免疫应答的多样性。 RBD的其他突变,例如G446V和较小程度的范围G485R和S494P,其具有作为E484的显着效果。

两个突变,K417N和N501Y加入到南非变体中的E484K中。 K417N抑制了一些单克隆抗体的识别,但是该位点(K417)的突变仅受到杰西绽放团队测试的康马斯血清的血清中的几乎没有中和。 N501Y突变,英语变体的特征,促进蛋白质S对ACE2受体的亲和力(它位于直接与ACE2直接连接的六个氨基酸组中),这将解释观察到的传染病的增加。然而,这种突变N501Y只会改变抗体与RBD结构域结合的能力,这是令人放心的。因此,上述关键区域中的任何突变都不会有害。 总共,英语变体通过17个修改(突变或删除)来区分,记录。在蛋白质S基因中,是N501Y,A570D,P681H,T716I,S982A和D1118H以及69,70和144中的氨基酸的除去e 职位。其他突变位于基因组的其他地方:T1001I,A1708D,I2230T,R52I,Y73C,D3L,S235F ...注意尚未公布关于增加传染性的数字。

RBD的突变传播有多远?探索GIAID数据库(共享禽流感的全球倡议),该探讨来自世界各地的测序结果,表明E484突变在0.1%的已知序列中发现,这几乎没有。

四种最常见的突变(与...相比) HCOV-19 / WUHAN / WIV04 / 2019病毒参考序列),在这种情况下,S477N,N439K,N501Y和Y453F对抗体的有效性几乎没有影响。例如,S477N突变将是墨尔本,澳大利亚和英国在欧洲现在存在的英国菌株的变体的特征。至于Y453F突变,它将是牲畜目的中发现的典型变体,其中还有N501Y增加了变速器。

最常见的冠状病毒的前10个突变。

RBD附着区域的前10个最常用的突变到ACE2受体。

最后,作者坚持要仔细监测E484突变,最令人担忧,也是那些可能从免疫观点造成损害,这可能会影响443之间的氨基酸e 和 la 450e 位置,以及空间上的位置约为484e,(L455,G485,F486和F490)。此外,所开展的工作是一种目录,指的是新变种的外观:我们会很快知道是否担心,或不识别鉴定的突变。

至于疫苗的有效性,杰西绽放是放心的,陈述“即使是某些抗体的中和力的落下也不一定导致疫苗保护的显着降低,因为它们触发的免疫通道是各种和多变 ”。

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