遗传

人类在人类中基因表达的图谱

国际财团已经在人体50多个组织中映射了基因的表达,并突出了其与另一个人的所有变化。

Marie-Snow Cordlier
基因组变化

测序人类基因组是一回事。表达哪个基因的地图,其中体内的细胞,将与一个人的细胞识别到另一个人的差异,并识别这种差异表达式的精心策划是另一个。但是,近年来出现了几个大型国际项目的挑战,如 编码,在2003年推出了人类基因组排序的连续性, 人体细胞图集,于2016年推出或项目 基因型 - 组织表达(GTEX)。 2010年开始,目的是建立遗传变异对许多人类组织中基因表达的影响的目录,后者刚刚完成了第三阶段。

一旦对人类基因组进行了测序,已经检查了一个人的遗传变化。然而,我们很快占据了这些变化,无法理解他们参与组织的运作,特别是它们对发育疾病风险的影响。特别是因为大多数变异涉及基因组的非编码区域,也就是说,除了基因以外的序列,其未产生蛋白质,因此可能参与该生产的调节。所以我们开始在基因组的功能分析中。

一种方法包括搜索其变异,从一个个体到另一个人的序列来解释一种或多种基因的表达谱的序列。识别命名为EQTL的这些监管序列(for 定量表达基因座,“表达的定量特征的基因座”),基因表达分布在几十到几百个体中将其比较,并且如果基因组的变化与这些或这种轮廓相关联。

这是GTEX联盟系统地完成了17,382种不同样本的每个不同组织所做的每一个 后验尸 在838个捐助者。对于每个样本,研究人员在一个手上测序的基因组,寻找遗传变异,另一方面,转录oma,也就是说所有RNA信使产品(RNA信使是来自基因的蛋白质制造中介机构),其中它们已经鉴定并量化了它们:加上信使RNA存在,所表达的相关基因越多。因此,联盟已设法将大约20,000个人基因的表达水平与数百万次序列的变化进行变化 - 着名的寻求后的EQTL。然后联盟开始利用此数据库。

在从49个组织的约15,000个样品的研究中(来自不同供体的每个组织的至少70个样品),研究人员观察到几乎所有基因的表达与一个或多个EQT1序列相关。在另一种情况下,他们提出了一种用于提取组织的细胞组成的数据并推导其对某些类型细胞特异性基因表达的调节。在另一个中,联盟已经确定了与特别异常的基因表达谱相关的稀有遗传变异,例如变体舆传,已知参与各种神经疾病的基因。

研究人员还发动了与性有关的差异:在几乎所有组织中,他们观察到男女基因表达的差异。即使效果是光的,也根据组织担心数百至数千个基因。

这些研究只是该数据库的开放地平线的一些例子。显然,她有她的极限。捐助者是欧洲原产地美国大部分的大部分,三分之二是男性,超过50岁及以上的人的一半以上的样品。尽管如此,在开放访问中,许多团队仍然是一个有价值的工具,它使用它来测试假设或回答特定问题,据最近表明这些数据有助于预测临床试验期间药物的副作用。

数据库的弱点是,根据定义,在每个单独的情况下进行抽样 - 主要在50年后 - 而细胞中基因的表达在整个寿命中变化。但2019年,美国卫生研究院资助项目 Gtex.,询问了一个题为新项目的里程碑 发展GTEX.,这将从儿童和青少年整合到这种时间组织,这将追踪整个生命中基因表达的演变。

其他方法是从同一时间出现的,同时同时对身体细胞的操作的空间和时间分析。这是特别的情况 欧洲项目 一生,于2018年推出,其目的是遵循患者,从样本采取随着时间的推移,通过多种方法分析每个细胞(基因组学,转录组,代谢组,3D组织,环境描述,成像......)来描述进展某些分子疾病。通过暂时关注患者,团队 一生 狂欢发现新标记以检测更多的早熟疾病,选择定制治疗并检测疗法期间的抵抗的出现。侵犯 大数据 生物学刚刚开始......

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