本文是一个翻译’article der stambaum der pandemie publié par Spektrum der Wissenschaft. le 18 mars 2020.
新冠肺炎

基因揭示了Covid-19的路线

SARS-COV-2病毒是épand à在世界各地,但根据什么路径 ? Grâce au séquençage de nombreux gé病毒编辑,专家恢复’histoire de la pandé和想象,也许être, son avenir.

Kai Kupferschmidt
SARS-CoV-2

28. fé1020,Christian Drosten,主任’病毒学研究所à l’hô大学的信誉é, à柏林,他的账户说 推特 qu’il a, avec son équipe, séquencé新的冠状病毒,SARS-COV-2,来自 d’柏林患者感染é en Italie. Le gé名词看起来很多à celui du virus d’另一位患者,居住à lui Munich, en Bavière. Or ce patient é是第一个的链接ère chaîne d’infection dé覆盖在德国à1月底。

病毒学家有D.éduit que l’épidémie en Bavière n’avait pas été complè击败,病毒越过阿尔卑斯山到达了’Italie sans être détecté。事实上,两个é钻三米ê我的突变将它们与第一个区分开é来自中国的Santarse。另一个解释é但是,有可能 :一种中国的病毒变异éjà三个突变的载体可能已到达两个同时国家é在撒谎。 Christian Drosten有推文é que ses résultats « n’é不足以证明慕尼黑和湖之间的联系’Italie », mais certains n’没有考虑过…

所以,几天后,从弗雷德哈金森癌症研究中心,特雷弗贝德福德à Seattle, aux É美国,专家’analyse de l’évolution des génomes et très présent sur 推特, 在également diffusé l’idée que l’épidémie précoce en Bavière, non contenue, était à l’origine de l’épidé意大利语。他的留言有çu un large écho et le magazine 技术评论 a même prétendu que l’épidémie europé很大程度上是它的来源à慕尼黑。在推特上,我们问道à l’Allemagne de s’excuser.

« J’我想踢她的臀部… »

Trevor Bedford n的结论’était-elle pas prématurée ? C’est l’兽医观点EEVA Broberg,欧洲中心éen de prévention et de contrôle des maladies, à Stockholm, en Suè的。就像克里斯蒂安德罗登一样,她认为这一点’il existe des scéNarios更合理地解释’arrivéE北部的疾病’意大利。理查德·奈赫,生物学家’université de Bâle, est sur la mê我线。他和特雷多贝德​​福德一起工作« aimerait d’其他地方踢他的臀部ègue ». « 您不能仅基于PhyLox来完成此断言énie », dé克莱尔仍然是安德鲁·兰德德’université d’Édimbourg, en É荚。与此同时,Trevor Bedford已经认识到’être emballé et a concédé que le virus a très bien pu ê在欧洲推出à自中国以来两次。并进行修改 : « J’aurais dû ê在推特上更加小心。»

L’épisode montre à研究人员必须多少être prudents lorsqu’ils analysent le génome d’un agent pathogène en pleine épidémie. Depuis la dé在中国的SARS-COV-2覆盖,世界各地的研究人员收集é样品在病人,séquencent le gé病毒名词并分享他们的r é在线烟雾。原则是以下 :G的微小修改é病毒名词就像R标记évé灯在世界各地的病毒的路径。但是,就像病毒一样'est jusqu’à présent peu modifié, les réPONES很少明确。 Bette Korber,在国家洛杉矶阿拉莫斯实验室的生物学家écise : « 病毒在鼠里慢慢转动é米,研究人员是réduits à émettre des hypothè他,唯一的假设èses, que l’我们不能采取事实établis. »

D.ébut, c’é克里斯蒂安安德森,生物学家们更容易à l’institut Scripps, à加利福尼亚州拉霍亚。首先ère séquence obtenue début janvier a répondu à基本问题 : quel est l’agent pathogène à l’疾病的起源 ? Les séquences suivantes é几乎是相同的,这是一个单一的通道’animal à l’男子。否则,科学家们会观察到é更大的多样性é génépremi病毒病毒ères personnes infectées.

比流感慢

但是从那时起,SARS-COV-2开始了é à转变。随着时间的推移和繁殖病毒,突变é在户间发生,微生物étant peu équipé pour les dé制作并纠正它们。根据Andrew Rambaut的说法,新的冠状病毒将在30岁的平均每月累积一两次或两个突变 000 nuclé奇怪包含在它的génome (en ARN) : « Il mute donc deux à比流感慢四倍。» À从这些小修改,研究人员恢复了一种’arbre généAlogique,一棵菲尼克树énétique.

冠状病毒的系谱

g的提取物énéSARS-COV-2的ALOGIEà travers le monde.

@ nextstrain.

想象一个g版本éante du jeu de « passe-parole »其中第一个参与者耳语句子à另外两个,每个人都让我ê我,等等。在里面î没有传输,有时会发生错误,并且在帐户结束时会获得差异é初始句子的年份版本。通过收集所有句子并分析它们,您可以重建他们的故事,其中顺序小差异é发生了,哪个chaî他们借来的球员NESées, et mê这些chas的长度înes…viologists和généticiens font de même avec les génomes des virus à从他们的共同点及其差异érences : ils déterminent ainsi l’SARS-COV-2多株株的历史,可以ême repérer des chaî直到的繁殖’alors échappé aux médecins.

例如,研究人员有équencé un deuxième géSARS-COV-2的数量’É华盛顿Tat(病毒D.’诊断青少年é malade le 27 fé1020),似乎ê成为第一个g的直接后代énome, celui d’六周的较大案例,其他三个突变。 Trevor Bedford有推文é qu’il considérait comme « hautement improbable »对应于两个g的病毒énomes proviennent d’introductions séparées. « 我想我们有éjà une importante épidémie dans l’É华盛顿塔’a pas encore été découverte », a-t-il é书面。这个分析’est avérée correcte : l’É华盛顿TAT计数,在24岁 mars, près de 2 500 cas et 124 décès (c’比在10倍以上États voisins). Des sé病毒开始é表明’il s’agit bien d’une grande épidémie continue plutô这两个介绍éparées。结论écialiste américain é这次是更坚固的,因为它不是仅基于génomes, préCise The Virgoral Andrew Rambaut,但包括在内’两名患者的历史 : ils é都到来了és dans l’État depuis le même comté.

Génomes encore très similaires

G.é单个Nomas不再足以遵循病毒的传播,但研究人员没有’autres éléments. Malgré l’abondance des génomes déjà séquencés (plus de 1 200,包括法国的六十),他们不代表ésentent qu’400的一小部分 000 cas recensé在世界上(24 行进)。在游戏的版本中« passe-parole »我们想象的ée,你无法质疑’une personne sur 400 !

法国的冠状病毒学系

g的提取物énéSARS-COV-2的ALOGIEen France (b意为布列塔尼和HF,HAUTS-DE-FRANCE) .

©nextstrain.

哪个更加,l’épidémie étant récente, les gé大多数病毒的Nomas仍然是trèS类似,难以得出结论。« À mesure que l’épidéMIE进展,我们期待à une diversité croissante et à des lignes d’ascendance, c’est-à-dire des géné有原始的,更清晰 », dé克莱尔理查德奈赫。科学家不满足于比较gé追查他们的故事é涨停,他们跟踪é可以使冠状病毒更危险或更具传染性的突变。

但à此外,谨慎’强加。剑璐,来自’université de Pékin, et ses collègues, ont rapporté l’analyse de 103 génomes viraux dans 发表的文章é dans 国家科学评论 le 3 mars。作者声称病毒可以être ré两组的缔约方(S和L),差异è主要是突变。更多,自70岁以来 % des géSARS-COV-2 S Nomeséquencés属于L组,最多r型é一百个,这种新的变体将更具侵略性和传染性。

安德鲁·兰德尔N.’根本不相信。作者« ont distingué deux branches de l’arbre phylogé病毒和有éduit que l’一个,更重要,相当à更毒性或传染性的病毒 », dit-il « mais qu’un virus exporté provoque une épidé米尔别墅(一个大分支)n’implique pas qu’il se comporte diffé别人的景观(小分支) »。一些研究人员要求é向作者撤回他们的出版物。« 本文档中提出的肯定显然是无资金ées,并可能传播错误和危险的信息à一个关键的时刻’épidémie », ont é四个研究人员’université de Glasgow。建卢a réPunda认为批评者误解了他的étude.

对于最坏的情况… ou le meilleur

根据Christian Drosten的说法,大多数修改遮罩ériel génétique n’不要影响病毒的行为。唯一的办法çon de vérifier l’effet d’une mutation est d’检查细胞培养物或MOD中的相应病毒è动物并证明是那个’agent pathogè是,例如,更好à même de péné细胞中的三人或更容易à他说,传输。如果病毒发生变化ç我们激烈,它也可能变得不那么危险。 2018年,柏林病毒学家小组有éSARS-VOC病毒丢失了他的g的一小部分énome dès le début des épidémies de SRAS de 2002 et 2003, en l’在g中发生29对碱基è出生。当研究人员有é在g中介绍这个片段é病毒实验室名称,病毒在各种细胞培养物中再现更好…

看起来可能看起来étrange qu’突变削弱病毒可以’imposer. Mais c’正是可能发生的事情’agent pathogène commence à感染人口和那个’il n’没有与d竞争’autres souches dé随着突变,观察基督徒德罗登。

« 不幸的是,新的coronavirus n’没有遭受这种删除。»至少,我们相信它… En effet, le 12 mars, une é新加坡队发表了é 一种étude显示在s中éCIT患者病毒é-État,一块382对基地缺乏même région du génome où la délétion avait été constaté在SARS-VOC处。假设此删除是合理的« freine » le virus autant qu’elle l’为1年前为SARS做过的。它可能être même contribué à ralentir l’épidémie à新加坡(第24秒有点超过500例 mars). Mais tant qu’他们没有确认ées, ces hypothèses relèDomaine de la的风é剔除,因此喜欢谨慎服用它们。

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